Fakultas Agama Islam (FAI) berdiri pada tahun 1968, saat itu masih disebut sebagai Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Muhammadiyah Ponorogo (IAIM Ponorogo).

Secara embrional Fakultas Agama Islam merupakan Fakultas pertama yang berstatus “diakui” yang ditetapkan pada SK Menteri Agama RI Nomor 86 tanggal 15 Agustus 1978.